Foi a 12 de Maio de 2000 que o Papa esteve pela última vez frente à imagem de Nossa Senhora (Fátima), cuja coroa tem incrustada a bala que feriu João Paulo II na Praça de S. Pedro, em 1981.

Nos últimos 24 anos João Paulo II assumiu-se como um grande promotor da mensagem de Fátima, o que lhe valeu o epíteto de "Papa de Fátima".

Um ano depois do atentado na Praça de S. Pedro, o Papa visitou Portugal pela primeira vez, regressando a Fátima em 1991, no âmbito de uma visita que o levou a várias regiões de Portugal.

Em 2000, João Paulo II visitou Fátima para a beatificação dos videntes Jacinta e Francisco, altura em que manteve o último encontro com a irmã Lúcia, entretanto falecida.

Tal como nas visitas anteriores, os peregrinos receberam João Paulo II em ambiente de festa, engalanando as principais ruas da Cova da Iria com bandeiras brancas e amarelas, as cores da Santa Sé, e mensagens de boas-vindas.

Além da beatificação de Jacinta e Francisco, a última visita de João Paulo II a Fátima, em 2000, ficou marcada pela menção à terceira parte do segredo de Fátima.

Na altura, coube ao secretário de Estado do Vaticano anunciar que em breve iria ser revelada a terceira parte do segredo de Fátima, bem como a divulgação de um resumo da mensagem que apresentava Karol Wojtyla como protagonista.

Foi a 26 de Junho de 2000 que o Vaticano divulgou a terceira parte do segredo de Fátima, que os crentes acreditam que foi revelado por Nossa Senhora a 13 de Julho de 1917, na Cova da Iria, e que terá sido escrita pela irmã Lúcia em Janeiro de 1944.

No texto há referências a um bispo vestido de branco morto por soldados com tiros e setas, imagem interpretada pelo Vaticano como alusiva ao sofrimento do Papa e da Igreja Católica, perseguida ao longo do século.

Apesar de a vidente Lúcia não associar directamente João Paulo II à figura do bispo, o texto elaborado pelo Vaticano considera que a visão representa o atentado sofrido pelo Papa a 13 de Maio de 1981, quando foi alvejado na Praça de São Pedro, em Roma.

"A primeira e a segunda parte do segredo diziam respeito antes de mais à pavorosa visão do inferno, à devoção ao Imaculado Coração de Maria, à segunda guerra mundial e ao prenúncio dos danos imensos que a Rússia, com a sua defecção da fé cristã e adesão ao totalitarismo comunista, haveria de causar à humanidade", refere o Vaticano no texto de apresentação da terceira parte do segredo de Fátima.

Para o Vaticano, ao tornar pública a terceira parte do segredo de Fátima, o Papa João Paulo II encerrou "um pedaço de história, marcado por trágicas veleidades humanas de poder e de iniquidade, mas permeada pelo amor misericordioso de Deus e pela vigilância cuidadosa da Mãe de Jesus e da Igreja".